常见问题解答：

◆同样体积的新鲜菌液，为什么有些提取的质粒浓度高，而有些质粒的浓度低？这些情况应该如何处理？
质粒提取高低的一个重要决定性因素是质粒载体的拷贝数，即质粒在一个大肠杆菌中的数目。对于低拷贝数的质粒，需要适当增加菌液的收集量，详情请参阅说明书。
以下是几种常见载体的拷贝数：


◆请问能否使用UE质粒小量制备试剂盒、UE-96质粒DNA试剂盒提取BAC之类的大质粒?
不建议使用。对于大质粒的提取，推荐您选择UE Easy-96质粒试剂盒。 

◆UE-96质粒DNA试剂盒、UE Easy-96质粒试剂盒与UE质粒小量制备试剂盒相比有哪些优势？选择这些试剂盒有哪些需要注意的？
96孔板质粒提取试剂盒适合于大规模操作，节省人力和试剂成本。使用这些试剂盒需要与之配套的96孔板离心机及相应的rotor，在操作中需要与96孔板配套的排枪。

◆我提取的质粒为什么会有基因组条带？
菌体在裂解和中和过程中如果操作过于剧烈就容易引起基因组污染。加入Buffer S2后要轻柔混匀，加入Buffer S3后混合均匀。如果发现裂解物在操作过程中过于黏稠，需要适当降低菌体的用量。

◆我提取的质粒在电泳图片上看，有一条紧挨着主带的小条带请问这是什么原因？如何判定它是否是杂带？
那条带很有可能就是变性条带。如果在加入Buffer S2后没有及时混匀菌体，会导致菌体局部碱性过强，破坏质粒的结构，在加入Buffer S3后质粒无法完全复性，就产生了这样的变性条带。
检测的方式是通过酶切检测，如果这条带在酶切后依然存在，则是变性条带，如果酶切后消失，则可能是质粒的不同状态。

◆我提取的质粒有明显的RNA污染，请问是什么原因？
可能有以下两种可能：
1、RNase A活力下降。Buffer S1在加入RNase A后要保存在4℃冰箱。如果室温放置，RNase A活力会下降，导致RNA污染。
2、菌体过量。如果使用的菌体量过多，也可能导致RNA污染。适当减少菌体的用量。

◆质粒得率很低，请问是什么原因？
质粒低的可能因素很多，以下是几种可能原因：
1、菌体过量，导致菌体不能完全裂解和中和，最终导致质粒得率低。
2、Buffer W2中未按瓶子上得标注体积加入乙醇。
3、菌体老化，影响提取的效果。建议对菌液进行划板培养，筛选新鲜克隆。

◆请问Eluent Buffer的配方是什么？对于DNA测序有没有影响？
Eluent Buffer 的配方是2.5mM Tris-HCl,pH8.0。质粒在这样的溶液中能够稳定保存，而且测序不受影响。